1993 beschlossen Bela und Farin zusammen mit Depp-Jones-Gitarrist Rodrigo González am Bass die Neugründung der Band. Ihre neue Plattenfirma suchten sie mit einer ganzseitigen Anzeige („Beste Band der Welt sucht Plattenfirma“) in der Zeitschrift „Musik Markt“. Somit konkurrierten einige Plattenfirmen um das beste Angebot, die Ärzte entschieden sich für Metronome. Außerdem erwarb Bela bei der Beckenfirma Paiste einen Endorsement-Vertrag, der ihm das Produkt für Konzerte, Proben und Aufnahmen zusicherte. Durch Rodrigo lernte Farin den Gitarrenbauer Thomas Harm kennen, der für ihn Gitarren als Unikate nach seinen Vorstellungen anfertigte. Es wurde das Album „Die Bestie in Menschengestalt“ aufgenommen, mit dem die Rückkehr der Ärzte gelang. Die erste Single-Auskopplung „Schrei nach Liebe“ griff den aufkeimenden Rechtsextremismus im wiedervereinigten Deutschland auf. Zwischen Oktober 1993 und August 1994 spielten sie zunächst auf der „Plugged“-Tour und anschließend auf der namentlich an den Sat.1-Film-Film angelehnten „Tour Tour“ insgesamt 155 Konzerte. Es folgte 1994 das erste Best-Of-Album „Das Beste von kurz nach früher bis jetze“ mit vielen „alten“ Liedern. Es wurden aber auch B-Seiten und einige Samplerbeiträge aus den 80ern für das Jugendmagazin Moskito auf dem Doppelalbum zusammengefasst.
Das zweite Studioalbum nach der Reunion, „Planet Punk“, wurde am 18. September 1995 veröffentlicht. Um den Namen gab es zuvor eine lange Diskussion, das Ergebnis ist ein Kompromiss, mit dem niemand wirklich zufrieden war. Allerdings löste der Name eine Diskussion aus, was die Ärzte eigentlich noch mit Punk zu tun hätten. Das Album selbst geriet um einiges „punkiger“ und experimenteller als die vorherigen. Als Promotion wollten die Ärzte, ohne jeglichen Text, Plakatwände mit Nacktfotos von Bela und Farin und einem völlig überbekleideten Rod bekleben. Die Aktion scheiterte an der Vernunft, die Nacktbilder wurden einige Jahre später als Konzerttickets benutzt. Dem Album folgte dann schließlich die „Eine Frage der Ehre“-Tour. Im selben Jahr nahmen die Ärzte die EP „1, 2, 3, 4 – Bullenstaat!“ auf. Dieses deutlich aggressive Punk-Album, welches Coverversionen von Wire und den Buttocks, sowie eine Trümmerversion vom Debil-Hit „Paul“ enthält, war nur auf Konzerten und bei den Fanclubs käuflich zu erwerben und erschien zunächst ausschließlich als 7"-Vinyl-Album. Nur ein halbes Jahr später und eigentlich als EP gedacht, erschien am 27. Mai 1996 das Konzeptalbum „Le Frisur“, welches sich ausschließlich dem Thema „Haare“ widmete.
Es machte Planet Punk, das sich zu diesem Zeitpunkt immer noch in den Charts befand, erwartungsgemäß Konkurrenz, wurde aber von den Fans nicht so angenommen wie sein Vorgänger. Es folgte eine große Tour mit dem Titel „Voodoo Lounge“. Mit dem Titel persiflierten die Ärzte die Rolling-Stones-Tour. Die Tour-Videos „Gefangen im Schattenreich von Die Ärzte“ und „Noch mehr Gefangen im Schattenreich von Die Ärzte (Teil 2)“ erschienen noch im selben Jahr. 1996 ging außerdem für den Bassisten Rod und den Schlagzeuger Bela B. ein Traum in Erfüllung: Die Rockband KISS startete eine Reunion-Tour und die Ärzte spielten in Deutschland und der Schweiz als Vorband. Auch 1997 schlossen sich weitere Konzerte als Vorband von KISS an. Es folgte eine nicht beworbene Geheimtour unter dem Namen „Ä live“. 1997 wurde vom Label „Gringo Records“ das Doppelalbum „Götterdämmerung“ zu Ehren der Ärzte veröffentlicht, auf dem eine Reihe von Bands 34 Songs von Die Ärzte covern.
Im Jahr 1998 wurde das PlattenlabelHot Action Records von der Band gegründet. Darunter veröffentlichte Tonträger sind frei von Kopierschutzmaßnahmen, da die Band solche als erheblichen Nachteil für den „ehrlichen Käufer“ sieht. Abgesehen davon mache man sich mit der Verwendung eines umgehbaren Kopierschutzes lächerlich.
Das am 25. Mai erschienene Album „13“ umfasst die Singleauskopplung „Männer sind Schweine“, welches die erste #1 in den deutschen Single-Charts war. Ende 1998 startete die Band die Geheimtour „Paul“. Die „Attacke Royal“-Tour, die knapp 70 Konzerte umfasste, schloss sich an. Nach diesem Erfolg und der langen Tour stand die Band erneut kurz vor der Auflösung, da sie sich nach eigener Aussage „einfach nicht mehr sehen konnten“. In dieser Zeit brachen die Ärzte auch den Kontakt zur BRAVO ab, da diese Schmutzgeschichten, in denen Farin Urlaub als brutaler Schläger hingestellt wurde, vermehrt abdruckte. Nach einer kleinen Pause wurden aus Mitschnitten, die sie seit 1993 gesammelt hatten am 11. November 1999 das Live-Doppelalbum „Wir wollen nur deine Seele“ veröffentlicht. Für Fanclubmitglieder der Ärzte gab es noch eine Live-Zugabe: Unter dem Titel „Satanische Pferde“ veröffentlichten die Ärzte eine weitere CD, auf der neuere Aufnahmen vieler Titel vertreten waren, die bereits auf „Nach uns die Sintflut“ als Liveversionen erschienen waren.
