Im März und April 2000 folgte die Geheimtour „Sie operieren wieder“, auf der die Ärzte als „Die Zu Späten“ auftraten. Bei zwölf Konzerten mit improvisierter Karaoke-Show mit dem Publikum kam es im Berliner „SO36“ in Kreuzberg zu einem gemeinsamen Konzert mit den Toten Hosen. Die „Toten Hosen“ waren zu gleicher Zeit als „Essen auf Rädern“ auf Clubtour. Ein zusätzlicher Auftritt als Revanche im Vorprogramm von „Essen auf Rädern“ in Düsseldorf im TOR 3 folgte, bei dem beide Bands zusammen noch einige alte ZK-/Punk-Lieder spielten.

Das nächste Studioalbum „Runter mit den Spendierhosen, Unsichtbarer!“ erschien am 23. Oktober 2000 in einer hellblauen Plüschtasche. Die Single „Wie es Geht“ kam bereits am 21. August auf den Markt und wurde vier Tage vorher live in der Harald Schmidt Show zu dessen Geburtstag vorgestellt.

Unter dem Namen „Üben, Unsichtbarer!“ spielten die Ärzte am Aschermittwoch 2001 ein Internetkonzert in ihrem Proberaum, welches via Live-Stream zusammen mit T-Online übertragen wurde. Fans konnten per Chat Liederwünsche abgeben. Ebenfalls 2001 erschien das Album „5, 6, 7, 8 – Bullenstaat!“, das neben seinem Vorgänger von 1995, das fast ausschließlich aus Coverversionen deutscher Punkbands bestand, auch etwa zwanzig weitere Stücke enthielt. Auch diese Platte wurde ausschließlich auf Konzerten und per Fanclub verkauft.

Eher als Spaß gedacht, erschien am 5. März 2001 „Yoko Ono“ als Single – das Lied an sich hat eine Laufzeit von nur 30 Sekunden. Das Video zur Single wurde mit seinen 45 Sekunden als kürzestes Musikvideo der Welt in das Guinness-Buch der Rekorde eingetragen. Im Sommer 2001 folgte die Tour „Rauf auf die Bühne, Unsichtbarer!“. Die Ärzte spielten neben Deutschland, Österreich und der Schweiz auch erstmals in Luxemburg und Italien, jeweils aber nur ein Konzert. Im Anschluss an das Tourabschlusskonzert in Westerland folgte im Herbst 2001 die Lesetour zur eigenen Biografie „Ein überdimensionales Meerschwein frisst die Erde auf“, die vom Ärzte-Fan und ehemaligen Fanclub-Leiter Markus Karg geschrieben wurde, durch Kinos in Deutschland, Österreich und der Schweiz. Am 21. Juni 2002 gab die Gruppe auf dem Mariannenplatz in Berlin-Kreuzberg vor etwa 35.000 Zuschauern ihr 20-Jahre-Jubiläumskonzert mit dem Titel „15 Jahre netto“. Der Konzerttitel war als Anspielung auf die Auflösung der Ärzte zwischen 1988 und 1993 zu verstehen. Für den Eintrittspreis von 7 Euro spielten die Ärzte ca. drei Stunden live vor dem Publikum die Höhepunkte der Bandgeschichte. Als Überraschungsgast trat Hagen Liebing bei der Performance von „2000 Mädchen“ am Bass auf und Diane Weigmann sang ihren Part bei „Manchmal haben Frauen“.

Im selben Jahr, am 31. August 2002, spielten die Ärzte im Hamburger Albert-Schweitzer-Gymnasium ein Unplugged-Konzert, das als MTV-Unplugged-Aufzeichnung mitgeschnitten wurde. Begleitet wurde die Band unter anderem vom dortigen Schulorchester, dem Schulchor sowie dem Percussionisten der Götz Alsmann Band, Markus Paßlick. Aus den Mitschnitten wurde am 4. November 2002 die LP „Rock’n’Roll Realschule“ veröffentlicht, am 6. Dezember 2002 erschien die gleichnamige DVD. Danach wurde es wieder ruhig um die Ärzte, Farin ging zwischenzeitlich mit dem „Farin Urlaub Racing Team“ auf Tour. Im März 2003 tourten die Ärzte unter dem Namen Nudo Tra I Cannibali (Nackt unter Kannibalen) eine Geheimtour mit zehn Auftritten namens „Giocare Ai Birilli For Montagna Trasversale (Kegeln For Kreuzberg - siehe Bowling for Columbine)“ Giro Del Tedesco 2003 in kleinen Clubs quer durch Deutschland.

Am 29. September 2003 erschien das erste Studio-Doppelalbum der Band, „Geräusch“. Mit dem, auch als Single ausgekoppelten, Lied „Deine Schuld“ schlugen die Ärzte erneut auch politische Töne an. Die „Jenseits der Grenze des Zumutbaren“-Tour mit der Hamburger Hip-Hop-Gruppe Fettes Brot als Vorband folgte; auf Grund der hohen Nachfragen gaben die Ärzte am Wochenende vom 18. bis 20. Juni 2004 in der Berliner Wuhlheide drei Zusatzkonzerte vor jeweils 20.000 Fans, wobei als Vorgruppe jeweils die Village People engagiert wurden. In Oberhausen schnitten die Ärzte auf der Tour die erste reguläre Live-DVD mit, die unter dem Titel „Die Band, die sie Pferd nannten“ seit dem 23. August 2004 im Handel erhältlich ist. Vor der sich nun anschließenden „Unrockstar“-Tour machten die Ärzte wieder Urlaub. Das Abschiedskonzert wurde von den Ärzten vor 22.000 Menschen am 8. August 2004 in der Berliner Waldbühne gegeben. Im Herbst 2004 erschien ein Liederbuch mit den Texten und Akkorden aller 262 veröffentlichten Titel. Im November folgte als Jahresabschluss die erste Die-Ärzte-Tour durch Südamerika. Unter anderem traten sie in Buenos Aires, Santiago de Chile und San Carlos in diversen Clubs als Vorgruppe von La Vela Puerca auf.

Seit dem 30. November 2004 steht außerdem das Album „Debil“ nicht mehr auf dem Index. Das Gremium der Bundesprüfstelle für jugendgefährdende Medien (BPjM) befand nach einer erneuten Überprüfung, dass die Lieder „Claudia hat ’nen Schäferhund“ und „Schlaflied“ nicht mehr als jugendgefährdend einzustufen sind. Daher wurde die CD aus der Liste gestrichen und ist seither wieder uneingeschränkt im Handel erhältlich. Als Folge darauf erschien am 21. Oktober 2005 das Album „Devil“, die Neuveröffentlichung des Albums „Debil“ mit einigen Bonusstücken, unter anderen dem bisher unveröffentlichten Stück „Füße vom Tisch“. Die Ärzte spielten im Jahre 2005 außerdem als Headliner beim deutschen Indierock-Doppelfestival Hurricane/Southside. Ende 2005 wurde ein Ringbuchordner mit dem Titel „Die Ärzte: Notenfreund“ (Unterüberschrift: „Noten – Der falsche Weg zum Punkrock“) veröffentlicht. Er enthält die Texte, Gesangsmelodien und Gitarrengriffe aller Titel sortiert nach Alben. Der Ordner ist erweiterbar, sodass bei Neuveröffentlichungen neue Blätter nachgekauft werden können.

Im Folgejahr erschien am 6. Oktober ein weiteres Best-Of-Doppelalbum mit dem Titel „Bäst of“. Als Besonderheit wird es in einer Metallbox ausgeliefert. Darauf zu hören sind alle veröffentlichen Singles seit 1993 sowie die zugehörigen „B-Seiten“. Unter dem Namen „Ärzte statt Böller“ fand am 31. Dezember 2006 ein Silvesterkonzert im Kölner Rhein-Energie-Stadion statt. Innerhalb von zwei Wochen waren alle Innenraum-Tickets vergriffen. „Ärzte statt Böller“ war ausverkauft, ca. 45.000 Fans aus ganz Deutschland kamen nach Köln-Müngersdorf. Als Vorbereitung darauf fand am 29. Dezember 2006 in Berlin wieder ein Geheimkonzert unter dem Namen „Die Ärzte, unter falschem Namen“ statt.